Trong số dư nợ phải thu đến 31/12/2017 của các đơn vị được kiểm toán là 10.786.389 triệu đồng (triệu đồng) thì nợ trong hạn là 8.879.182 triệu đồng, nợ quá hạn là 1.907.207 triệu đồng. Công tác thu hồi nợ còn nhiều hạn chế và khó khăn do các công trình xây lắp thi công kéo dài qua nhiều năm, chậm quyết toán.
Công ty CP Sông Đà 10 (Công ty CP Thủy điện Nậm He) chưa thu hồi khoản trả trước cho các nhà thầu là 8.744 triệu đồng và khoản ứng trước tiền mua vật tư cho các cá nhân thuộc Công ty CP Sông Đà 7 là 6.229 triệu đồng từ giai đoạn đầu tư Nhà máy Thủy điện Nậm He; hay chậm thanh toán, chủ yếu là các công trình do Tổng Công ty làm thầu chính.
Trong nợ quá hạn 1.907.207 triệu đồng thì nợ phải thu khó đòi là 305.068 triệu đồng (trong đó: Công ty mẹ là 55.655 triệu đồng; Công ty CP Sông Đà 6 là 35.765 triệu đồng, Công ty CP thủy điện Cần Đơn là 72.550 triệu đồng, Công ty CP Sông Đà 10 là 67.822 triệu đồng, Công ty CP Sông Đà 9 là 32.269 triệu đồng...), số nợ phải thu chưa được đối chiếu xác nhận là 621.441 triệu đồng. Một số đơn vị có tỷ lệ đối chiếu nợ phải thu thấp; phân loại nợ phải thu khách hàng (theo ngắn hạn và dài hạn) còn chưa chính xác.
Một số khoản nợ phải thu có số dư lớn, có tuổi nợ trên 3 năm chưa thu hồi được, cụ thể: Khoản đặt cọc 35.000 triệu đồng từ ngày 16/9/2013 để mua cổ phần của Công ty CP Đầu tư Hải Thạch BOT mặc dù ngày 17/4/2015 hai bên đã ký biên bản làm thỏa thuận việc về việc thanh lý hợp đồng quyền chọn mua (Công ty CP Sông Đà 10); Khoản trả trước 2.182,3 triệu đồng để thực hiện Hợp đồng thi công hạng mục Kiến trúc cảnh quan - Công ty thủy điện Tuyên Quang với Công ty CP ĐTXD&TM Quang Dũng; đến 05/4/2017 cơ quan thuế đã ra thông báo Công ty này không còn hoạt động kinh doanh; Các khoản nợ của các cá nhân 5.638 triệu đồng (Công ty CP Thủy điện Cần Đơn); Khoản lãi cho Công ty CP Điện Việt Lào vay vốn lưu động (811.309 triệu đồng).
Chưa kịp thời thu hồi các khoản cho vay vốn lưu động theo các hợp đồng tín dụng ngắn hạn (được gia hạn theo định kỳ) với giá trị cho vay đến năm 2017 là 1.932.610 triệu đồng, gồm: Công ty mẹ là 1.863.982 triệu đồng, Công ty CP Sông Đà 9 là 2.189 triệu đồng, Công ty CP Sông Đà 10 là 39.491 triệu đồng; Công ty CP Tư vấn Sông Đà 7.034 triệu đồng; Công ty CP ĐT&PT Điện Sê San 3A là 19.914 triệu đồng. Trích lập dự phòng nợ phải thu khó đòi 3.224,6 triệu đồng chưa phù hợp quy định tại Điều 6 Thông tư số 228/2009/TT-BTC ngày 07/12/2009 của Bộ Tài chính.
Nhiều dự án đầu tư xây dựng nhà máy thủy điện đã hoàn thành và đi vào vận hành thương mại nhưng chưa được thanh quyết toán dẫn đến tồn đọng chi phí sản xuất kinh doanh dở dang kéo dài (Sông Đà 9, 4, 10, Tư vấn Sông Đà).
Xác định chi phí sản xuất kinh doanh dở dang cuối kỳ đối với một số công trình (hạng mục) xây lắp còn chưa phù hợp quy định của các Chuẩn mực kế toán số 01 và số 15 ban hành kèm theo Quyết định số 165/2002/QĐ-BTC ngày 31/12/2002 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
Ghi nhận nguyên giá tài sản cố định và trích khấu hao chưa phù hợp quy định (trích khấu hao đối với các tài sản hỏng chờ sửa chữa, chờ thanh lý, không phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh; thay đổi phương pháp trích khấu hao nhưng không thông báo cho cơ quan thuế).
Phải tạm ghi nhận nguyên giá tài sản cố định kéo dài do việc quyết toán một số dự án đầu tư xây dựng nhà máy thủy điện hoàn thành chậm so với quy định tại Điều 8 Thông tư 09/2016/TT-BTC ngày 18/01/2016 của Bộ Tài chính. Nhà máy Thủy điện Nậm Chiến đã đưa vào vận hành thương mại được 5 năm nhưng đến tháng 10/2018 mới thực hiện quyết toán dự án hoàn thành (chậm 46 tháng so với quy định).
Nhà máy Thủy điện Nậm He đã vận hành thương mại được gần 4 năm nhưng đến hết thời điểm kiểm toán Công ty CP Sông Đà 10 vẫn chưa hoàn tất công tác lập hồ sơ báo cáo quyết toán Dự án hoàn thành trình cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Nhà máy Thủy điện Hà Tây (thuộc Công ty CP Thủy điện cần Đơn) đã vận hành thương mại từ tháng 7/2015 nhưng đến nay vẫn đang trong quá trình quyết toán.
Phần lớn các khoản đầu tư tài chính của các Công ty con được kiểm toán không thực sự mang lại hiệu quả, chưa trích lập dự phòng hoặc trích lập dự phòng các khoản đầu tư tài chính chưa phù hợp quy định tại Điều 5 Thông tư số 228/2009/TT-BTC ngày 07/12/2009 và Thông tư số 89/2013/TT-BTC ngày 28/6/2013 của Bộ Tài chính.
Đến 31/12/2017, Công ty mẹ chưa trả cho Công ty CP Thủy điện Cần Đơn số tiền bán điện thương phẩm đã thu được từ Công ty mua bán điện 344.121 triệu đồng; chưa thanh toán cho các nhà thầu thi công dự án Thủy điện Xekaman 1 số tiền 298.883 triệu đồng đã thu được của chủ đầu tư.
Công ty CP Thủy điện Nậm Chiến chưa thanh toán được số nợ gốc quá hạn 71.649 triệu đồng và lãi vay quá hạn 174.326 triệu đồng ngân hàng; chưa thực hiện được phương án tăng vốn điều lệ thông qua phương án phát hành cổ phiếu riêng lẻ do chưa có văn bản chính thức chấp thuận của Bộ Xây dựng; chưa huy động đủ vốn điều lệ và chưa thực hiện điều chỉnh đăng ký kinh doanh theo quy định của Luật Doanh nghiệp.
