Cụ thể, Cục sẽ tập trung thanh tra, kiểm tra theo chuyên đề đối với các lĩnh vực rủi ro như: chuyển nhượng vốn, giao dịch liên kết, chuyển giá, chuyển nhượng bất động sản, nhà đất, thương mại điện tử, hoàn thuế.
Riêng đối với hoạt động kinh doanh thương mại điện tử, Cục Thuế thành phố Hà Nội đã kiểm soát, đưa vào quản lý bài bản các trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh thương mại điện tử. Trong số đó, tập trung nhóm cá nhân có thu thập từ các tổ chức nước ngoài như: Google, Facebook, Apple…; nhóm là các cá nhân có hoạt động bán hàng online; nhóm chủ cơ sở cho thuê nhà trực tuyến qua ứng dụng.
Trên cơ sở đó, Cục Thuế thành phố Hà Nội thực hiện giám sát hoàn thuế giá trị gia tăng, phân loại rủi ro theo mặt hàng, xuất xứ hàng hóa (nước nhập khẩu), loại hình doanh nghiệp; thực hiện phối hợp với cơ quan thuế các cấp và các cơ quan có liên quan như ngân hàng, hải quan, công an... để thực hiện kiểm tra, xác minh đối chiếu hàng hóa mua vào, bán ra, xác minh đầu ra ở nước ngoài... nhằm hạn chế tình trạng gian lận hoàn thuế.
Theo Cục Thuế thành phố Hà Nội, năm 2021 toàn Cục đã hoàn thành 16.217 cuộc thanh, kiểm tra, đạt 130% kế hoạch của Tổng cục Thuế giao với tổng số truy thu, truy hoàn và phạt là 2.470 tỷ đồng, tăng 55% so với năm 2020; giảm thuế giá trị gia tăng được khấu trừ là 358 tỷ đồng; giảm lỗ 7.190 tỷ đồng.
