Theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ, Ban quản lý dự án Mỹ Thuận là đơn vị sự nghiệp công lập và là Ban Quản lý dự án chuyên ngành giao thông trực thuộc Bộ GTVT.
Ban quản lý thực hiện chức năng, nhiệm vụ quản lý dự án, tư vấn quản lý dự án và chủ đầu tư các dự án theo quy định của pháp luật; hoạt động theo cơ chế tự chủ về tài chính, tự bảo đảm chi thường xuyên; có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng và được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và ngân hàng thương mại theo quy định của pháp luật.
Quyết định của Thủ tướng Chính phủ cũng nêu rõ: "Bộ trưởng Bộ GTVT quy định cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ban QLDA Mỹ Thuận".
Trước đó, Bộ GTVT kiến nghị Thủ tướng chấp thuận chủ trương kết thúc mô hình thí điểm và chấm dứt hoạt động của Tổng công ty Đầu tư phát triển và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long (Tổng công ty Cửu Long), đồng thời quyết định thành lập Ban quản lý dự án Mỹ Thuận trực thuộc Bộ GTVT.
Theo Bộ GTVT, trên cơ sở thực tiễn hoạt động đã được đánh giá, tổng kết, việc duy trì mô hình Tổng công ty Cửu Long là không thể tiếp tục và rất cần thiết phải kết thúc mô hình thí điểm để có phương án tổ chức cho phù hợp.
