Theo đó, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tháng 5/2015 đã thành lập Ban Đổi mới và Phát triển Công ty Agrexport Hà Nội để bán doanh nghiệp; phê duyệt giá trị doanh nghiệp, phương án bán và tổ chức bán đấu giá doanh nghiệp...
Sau 966 lần phát giá, trả giá, kết quả ông Nguyễn Quý Thịnh (ở Hà Nội) đã trúng đấu giá với giá là 245 tỷ đồng. Tuy vậy, Thanh tra Chính phủ đánh giá quá trình tiến hành các thủ tục bán Agrexport Hà Nội đã được Bộ Nông nghiệp & phát triển nông thôn, công ty thực hiện không đúng, dẫn tới nhiều vi phạm.
Trước hết, về giá trị quyền sử dụng đất, Công ty Agrexport Hà Nội chưa hoàn tất thủ tục chuyển diện tích 24.690m2 đất được nhà nước giao sang hình thức thuê đất trả tiền hàng năm và chưa hoàn tất thủ tục về đất đai đối với diện tích đất Công ty mua, nhận chuyển nhượng là 348m2.
Trước khi xác định giá trị doanh nghiệp và đến thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp (30/6/2015), Công ty Agrexport Hà Nội không hoàn tất thủ tục chuyển sang thuê đất và hoàn tất thủ tục về nhà, đất đã mua, nhận chuyên nhượng theo quy định, để báo cáo Bộ Nông nghiệp và Phát triên nông thôn và cơ quan quản lý nhà đất của TP. Hà Nội, TP. Hải Phòng, TP.HCM, tỉnh Bắc Giang: đối với diện tích đất nêu trên, chưa xác định được giá trị quyền sử dụng đất vào giá trị doanh nghiệp, từ đó xác định giá khởi điểm bán doanh nghiệp không chính xác. Thanh tra Chính phủ khẳng định, "Trách nhiệm chính thuộc về Công ty Agrexport Hà Nội".
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chỉ đạo xác định giá trị Công ty Agrexport Hà Nội và phê duyệt giá trị doanh nghiệp để bán trong khi phương án sắp xếp, xử lý nhà, đất của Công ty Agrexport Hà Nội chưa được UBND các địa phương là thành phố Hải Phòng, tỉnh Bình Dương, tỉnh Bắc Giang thống nhất và Bộ Tài chính chấp thuận, vì vậy việc xây dựng và phê duyệt phương án sử dụng đất của Công ty Agrexport Hà Nội trong hồ sơ bán doanh nghiệp là thiếu cơ sở.
Thanh tra Chính phủ đánh giá, "Trách nhiệm thuộc vê Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, trong đó có phần trách nhiệm của UBND các địa phương trong việc chưa nghiêm túc thực hiện Quyết định số 09/2007/QĐ-TTg nên phương án sắp xếp lại, xử lý nhà, đất thuộc sở hữu Nhà nước tại Công ty Agrexport Hà Nội đến nay chưa hoàn thành."
Ngoài ra, kiểm tra từ Thanh tra Chính phủ phát hiện có 12/34 hạng mục tài sản là nhà cửa, vật kiến trúc tại Chi nhánh Hải Phòng, Bắc Giang, Xí nghiệp Vĩnh Hòa - Bình Dương, Công ty tư vấn áp dụng suất đầu tư để xác định nguyên giá tài sản cố định chưa phù hợp cho từng loại công trình, do đó làm giảm nguyên giá tài sản cố định là gần 7,6 tỷ đồng, giảm giá trị còn lại của tài sản là gần 2,4 tỷ đồng đồng, dẫn đến giá trị doanh nghiệp giảm gần 2,4 tỷ đồng, từ đó xác định giá khởi điểm bán doanh nghiệp không đúng.
Quá trình thanh tra cũng phát hiện Công ty Agrexport Hà Nội có một số khoản công nợ không có biên bản đối chiếu công nợ với số tiền là hơn 1,7 tỷ đồng; khoản công nợ thiếu hợp đồng, không có biên bản đối chiếu công nợ..., chỉ có cam kết trả nợ của cá nhân hoặc chứng từ phát sinh nợ với số tiền là 643 triệu đồng, trong đó, khoản nợ không có hồ sơ nợ là 262 triệu đồng đồng; khoản công nợ có sự chênh lệch giữa hồ sơ nợ và biên bản đối chiều nợ là 414,1 triệu đồng đồng và khoản nợ mà đối tượng phải trá đã giải thể với số tiền là gần 9 triệu đồng. Tuy nhiên, Công ty Agrexport Hà Nội chưa xử lý các khoản công nợ trên theo quy định.
Thanh tra Chính phủ nhấn mạnh, "nếu không được phát hiện, xử lý kịp thời có thể gây thất thoát tài sản của Nhà nước. Trách nhiệm thuộc về Công ty Agrexport Hà Nội, Công ty TNHH Kiểm toán & Kế toán Hà Nội".
Ngoài ra, việc Bộ Nông nghiệp & Phát triển nông thôn phê duyệt quy chế bán đấu giá Agrexport Hà Nội quy định người tham gia đấu giá phải ký quỹ hơn 69,5 tỷ đồng để trả nợ vay và nợ ngân sách, trong khi pháp luật không quy định, đã ảnh hưởng tới số người tham gia đấu giá mua doanh nghiệp.
Được biết, quá trình thương thảo hợp đồng giữa Công ty Agrexport Hà Nội và người trúng đấu giá đã dừng lại; người trúng đấu giá đã nhận lại tiền cọc, ký quỹ.
Với những sai phạm sau thanh tra, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Tài nguyên & môi trường rà soát, kiến nghị giải pháp về cơ chế xác định lợi thế, quyền sử dụng đất... nhằm xác định đầy đủ, chính xác giá trị doanh nghiệp, tránh thất thoát vốn, tài sản Nhà nước.
Bộ Nông nghiệp có trách nhiệm giải quyết dứt điểm các vấn đề liên quan tới dừng bán đấu giá Agrexport Hà Nội theo quy định pháp luật. Chỉ đạo Agrexport hoàn tất thủ tục chuyển gần 24.700m2 đất được Nhà nước giao sang hình thức thuê đất trả tiền hàng năm và hoàn tất thủ tục nhà, đất công ty đã mua, nhận chuyển nhượng 348m2 theo quy định.
Các bộ, ngành được yêu cầu thực hiện kiến nghị của thanh Chính phủ, báo cáo kết quả cho Thủ tướng trong tháng 12 tới.
