Theo đó, đối với việc kết nối đường sắt, đơn vị tư vấn cần nghiên cứu bổ sung, đánh giá tính hiệu quả của việc kết nối vận tải bằng đường sắt đến các khu bến cảng trên địa bàn TP.HCM (đặc biệt là cảng Cát Lái); ưu tiên phát triển các bến cảng biển tại khu cảng Hiệp Phước, huyện Nhà Bè, hạn chế gia tăng công suất hàng hóa thông qua khu vực bến Cát Lái, tiến tới di dời hoặc dừng hoạt động các bến trên sông Sài Gòn.
Trên địa bàn TP.HCM hiện nay đang thiếu hệ thống bến, cảng phục vụ hoạt động vận tải hành khách bằng đường thủy. Do đó, Bộ Giao thông vận tải cần bổ sung nhiệm vụ quy hoạch để nghiên cứu các bến tàu khách nội địa, liên tỉnh, khu vực hậu cần đường thủy, bến du thuyền trên khu vực sông Sài Gòn; tiếp tục thực hiện di dời, chuyển đổi công năng các bến cảng trên sông Sài Gòn.
Bên cạnh đó, đối với bến cảng Tân Thuận, cần thực hiện di dời trước năm 2020 để phục vụ xây dựng cầu Thủ Thiêm 4, các bến cảng còn lại tiếp tục hoạt động theo hiện trạng, không đầu tư mở rộng phát triển thêm cảng và nghiên cứu di dời sau năm 2020 hoặc chấm dứt hoạt động khi hết thời hạn thuê đất; đồng thời các bến phao trên sông Sài Gòn sẽ di dời theo tiến độ di dời các bến cảng trên sông Sài Gòn.
Ngoài ra, TP.HCM kiến nghị không đầu tư xây dựng thêm cầu cảng đối với cảng Bến Nghé - Phú Hữu (180m giai đoạn 2) và Bến cảng tổng hợp quốc tế ITC Phú Hữu (300m giai đoạn 3), giai đoạn tiếp theo chỉ xem xét đầu tư khi giao thông kết nối khu vực này cơ bản được đầu tư hoàn thành.
Đồng thời, không tiếp tục quy hoạch vị trí Bến cảng tổng hợp Nhà Bè (trên sông Nhà Bè) do khu vực này có nhiều dân cư sinh sống, diện tích đất nhỏ, luồng cạn. Các bến còn lại giữ nguyên quy hoạch./.