Hiện nay, các đơn vị liên quan đến công tác quản lý nước của TP gồm Sở Giao thông vận tải (GTVT), Sở Nông nghiệp Phát triển nông thôn (NN&PTNT), Sở Tài nguyên – Môi trường (TN-MT). Tuy nhiên, theo nhận định của lãnh đạo UBND TP, ba sở này phối hợp chưa khoa học, kém hiệu quả…
Trước tình trạng trên, Bí thư thành ủy TP.HCM Nguyễn Thiện Nhân chỉ đạo xây dựng đề án thành lập Ban chỉ đạo quản lý nước thành phố nhằm thống nhất các đầu mối về quản lý nước, xây dựng cơ chế phối hợp chặt chẽ, quản lý hiệu quả về tài nguyên nước, chống ngập…
Trước năm 2008, các dự án chống ngập, thoát nước vùng nội thành chủ yếu do Sở GTVT TP.HCM thực hiện. Sau năm 2008, khi TP.HCM thành lập Trung tâm chống ngập, vai trò của Sở GTVT giảm dần. Theo đó, Trung tâm chống ngập nước là cơ quan độc lập trực thuộc UBND TP.HCM thực hiện các chương trình, dự án thoát nước, chống ngập.
TP.HCM thành lập Ban chỉ đạo quản lý nước để giải quyết tình trạng ngập nước trên địa bàn.
Ngoài ra, Trung tâm chống ngập có nhiệm vụ nghiên cứu, xây dựng chiến lược và các giải pháp kiểm soát lũ, triều cường trên địa bàn TP và các vùng phụ cận. Đồng thời Trung tâm chống ngập cũng điều phối các hoạt động, dự án tiêu thoát nước, để giải quyết căn bản tình trạng ngập nước trên địa bàn TP.
Tuy nhiên, nhiều năm trước, tại các hội thảo khoa học, có nhiều ý kiến cho rằng TP nên gắn công tác quản lý tài nguyên nước với công tác chống ngập. Phải xem nước là nguồn tài nguyên, không nên thải hết nước xuống cống mà phải tìm cách giữ lại một phần để phục vụ tưới tiêu, bổ cập cho nguồn nước ngầm…
