Theo đó, về phạm vi nghiên cứu và thời hạn quy hoạch tổng thể bảo tồn, tôn tạo và phát huy giá trị VQG Phong Nha - Kẻ Bàng giai đoạn 2016 - 2025, tầm nhìn đến năm 2035 cần điều chỉnh cho phù hợp với quy hoạch chung xây dựng Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng tỉnh Quảng Bình đến năm 2030 (quy hoạch chung xây dựng VQG Phong Nha - Kẻ Bàng); quy hoạch tổng thể phát triển khu du lịch quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng, tỉnh Quảng Bình đến năm 2030 (quy hoạch phát triển du lịch VQG Phong Nha - Kẻ Bàng).
Bổ sung yêu cầu đánh giá sự phù hợp của khu vực lập quy hoạch với các quy hoạch xây dựng đã được phê duyệt còn hiệu lực như quy hoạch xây dựng vùng tỉnh, vùng huyện; quy hoạch xây dựng nông thôn. Mục 3.5 định hướng quy hoạch tổng thể (trang 44 Thuyết minh nhiệm vụ quy hoạch bảo tồn VQG Phong Nha - Kẻ Bàng) chưa phù hợp với giai đoạn lập nhiệm vụ, cần điều chỉnh thành “đề xuất định hướng, kế hoạch lập quy hoạch tổng thể”.
Nội dung định hướng tổ chức không gian hoạt động du lịch Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng (trong mục 3.5.6) trong đó bao gồm nhu cầu sử dụng đất cho phát triển du lịch là chồng chéo với nội dung của các loại hình quy hoạch khác (quy hoạch xây dựng, quy hoạch tổng thể du lịch, quy hoạch sử dụng đất).
Cần bỏ nội dung tại Mục 3.5.2 định hướng Quy hoạch bộ máy tổ chức VQG Phong Nha - Kẻ Bàng do không thuộc phạm vi nghiên cứu của quy hoạch bảo tồn VQG Phong Nha - Kẻ Bàng. Bổ sung yêu cầu về dự kiến vốn đầu tư, các giải pháp thực hiện và các chương trình dự án ưu tiên thực hiện quy hoạch bảo tồn VQG Phong Nha - Kẻ Bàng, tỉnh Quảng Bình.