Với quy mô gần 21.000 ha, trải dài từ Nam cầu Hùng Vương đến cảng Vũng Rô, Khu kinh tế Nam Phú Yên được quy hoạch phát triển công nghiệp lọc, hóa dầu và các ngành công nghiệp sau dầu; công nghiệp sản xuất hàng tiêu dùng, chế biến và xuất khẩu.
Gắn với mở rộng cảng Vũng Rô, tại đây sẽ xây dựng cảng nước sâu Bãi Gốc, nâng cấp cảng hàng không Tuy Hòa để hình thành trung tâm giao thương quốc tế, trung tâm công nghiệp của vùng Nam Trung Bộ và Tây Nguyên.
Hiện nay, trong Khu kinh tế Nam Phú Yên đã có nhiều công trình đi vào hoạt động, như cảng Vũng Rô; khu công nghiệp Hoà Hiệp giai đoạn I; cầu Đà Nông và tuyến đường Phước Tân - Bãi Ngà đến cảng Vũng Rô; khu tái định cư Phú Lạc; kè chống xói lở bờ Nam sông Đà Rằng; hạ tầng khu đô thị mới Nam TP Tuy Hoà; khu trung tâm hành chính mới và khu dân cư xã Hoà Tâm.
Theo Ban quản lý Khu kinh tế Phú Yên, thời gian tới, sẽ ưu tiên đầu tư xây dựng các khu tái định cư Phú Lạc và Hòa Tâm; khu đô thị trung tâm Hòa Vinh; khu đô thị dịch vụ công nghiệp Hòa Hiệp; khu hóa dầu Hòa Tâm, lọc dầu Vũng Rô; khu phi thuế quan và các khu du lịch sinh thái…
Trước đó, Bộ Xây dựng đã có Công văn số 1474/BXD-QHKT phúc đáp Văn phòng Chính phủ về chủ trương điều chỉnh Quy hoạch chung xây dựng Khu kinh tế Nam Phú Yên (tỉnh Phú Yên) đến năm 2025.
Quy hoạch chung xây dựng Khu kinh tế Nam Phú Yên đến năm 2025 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 1712/QĐ-TTg ngày 23/10/2009 (viết tắt là Quy hoạch 1712), trong đó xác định quy mô diện tích khu phi thuế quan là 320ha và khu công nghệ cao là 370ha.
Tuy nhiên, theo Bộ Xây dựng, việc UBND tỉnh Phú Yên có các quyết định điều chỉnh giảm quy mô diện tích khu phi thuế quan từ 320ha xuống còn 214,2ha (Quyết định số 3017/UBND ngày 08/10/2012) và điều chỉnh giảm quy mô diện tích khu công nghệ cao từ 370ha xuống còn 251,6ha (Quyết định số 1834/QĐ-UBND ngày 16/10/2013) là không phù hợp thẩm quyền điều chỉnh quy hoạch quy định tại Luật Xây dựng năm 2003. Vì vậy, UBND tỉnh Phú Yên cần có giải trình làm rõ về nội dung này.
Bên cạnh đó, UBND tỉnh Phú Yên cần nêu rõ những bất cập xảy ra trong quá trình triển khai hệ thống hạ tầng kỹ thuật giao thông và lập quy hoạch chi tiết các khu chức năng trong Khu kinh tế Nam Phú Yên. Đặc biệt nêu cụ thể, rõ ràng về vấn đề cập nhật không đầy đủ các khu dân cư hiện hữu của bản đồ địa hình phục vụ cho công tác lập Đồ án quy hoạch chung xây dựng KKT Nam Phú Yên.
Ngoài ra, Bộ Xây dựng đề nghị UBND tỉnh Phú Yên cần bổ sung các định hướng phát triển kinh tế - xã hội trong giai đoạn tới của tỉnh có ảnh hưởng đến định hướng phát triển, thu hút đầu tư của Khu kinh tế Nam Phú Yên. Đồng thời làm rõ về các dự án trọng điểm có liên quan trong khu vực đang có nhu cầu điều chỉnh về quy mô diện tích, tính chất sử dụng đất của các khu chức năng nêu trong văn bản số 1606/UBND-ĐTXD ngày 03/4/2017.
Theo báo cáo của UBND tỉnh Phú Yên, một số khu chức năng của Khu kinh tế Nam Phú Yên khó triển khai, khó thu hút đầu tư do bị ảnh hưởng của công tác giải phóng mặt bằng các khu dân cư hiện hữu nằm xen kẽ giữa các khu chức năng.
"Vì vậy, báo cáo cần bổ sung số liệu cụ thể, phân tích và đánh giá về công tác đền bù, giải phóng mặt bằng trong quá trình triển khai thực hiện Quy hoạch 1712. Làm rõ các khu chức năng của Khu kinh tế khó triển khai do bị ảnh hưởng của các khu dân cư hiện hữu", văn bản của Bộ Xây dựng nêu rõ.
Với các nội dung đã nêu tại báo cáo của UBND tỉnh Phú Yên gồm thay đổi quy mô và vị trí dự án Nhà máy lọc hoá dầu Vũng Rô; điều chỉnh diện tích khu phi thuế quan, khu công nghệ cao; các khu chức năng nằm xen kẽ trong các khu dân cư hiện hữu đã được quy hoạch xã nông thôn mới; hình thành một số công trình trọng điểm cấp quốc gia (hầm đường bộ Đèo Cả) sẽ gây khó khăn cho việc thực hiện Quy hoạch 1712 trong công tác thu hút đầu tư cũng như quản lý đầu tư xây dựng theo quy hoạch.
Bộ Xây dựng cho rằng, căn cứ Điểm c, Khoản 2, Điều 35 Luật Xây dựng năm 2014 về điều kiện điều chỉnh quy hoạch xây dựng khu chức năng đặc thù, Quy hoạch 1712 có thể được xem xét để điều chỉnh quy hoạch xây dựng.
