Theo đánh giá, mục tiêu xây dựng Khu kinh tế Nam Phú Yên phù hợp với chiến lược phát triển quốc gia biển, chiến lược phát triển kinh tế biển Việt Nam; xây dựng Khu kinh tế Nam Phú Yên thành vùng kinh tế động lực của tỉnh Phú Yên; có hệ thống cơ sở hạ tầng kỹ thuật - xã hội đồng bộ, hiện đại; không gian kiến trúc cảnh quan, đô thị văn minh, tiên tiến, môi trường bền vững và sử dụng đất đai hiệu quả; làm cơ sở pháp lý để triển khai các quy hoạch phân khu, quy hoạch chi tiết các khu chức năng và các dự án đầu tư xây dựng thuộc khu kinh tế.
Phạm vi lập quy hoạch có diện tích khoảng 20.730ha, bao gồm toàn bộ địa giới hành chính các phường: Phú Lâm, Phú Thạnh, Phú Đông thuộc thành phố Tuy Hòa và các xã: Hòa Hiệp Bắc, Hòa Hiệp Trung, Hòa Hiệp Nam, Hòa Tâm, Hòa Xuân Đông, Hòa Vinh và một phần các xã Hòa Xuân Tây, Hòa Tân Đông, Hòa Xuân Nam, Hòa Thành thuộc huyện Đông Hòa, tỉnh Phú Yên.
Khu kinh tế Nam Phú Yên có phía Bắc giáp sông Đà Rằng, phía Nam giáp huyện Vạn Ninh - tỉnh Khánh Hòa, phía Đông giáp biển Đông và phía Tây giáp hành lang cao tốc Bắc - Nam.
Hiện, khu kinh tế Nam Phú Yên có quy mô dân số khoảng 140.000 người. Dự báo sơ bộ quy mô dân số đến năm 2030 khoảng 170.000 - 180.000 người. Dự báo sơ bộ quy mô dân số đến năm 2040 khoảng 220.000 - 250.000 người. Dự báo đất xây dựng khu kinh tế đến năm 2040 khoảng 11.000 - 12.000ha.
Theo quyết định, khu kinh tế Nam Phú Yên được xây dựng và phát triển thành khu kinh tế tổng hợp đa ngành, đa chức năng với trọng tâm là các loại hình công nghiệp công nghệ cao, các ngành công nghiệp gắn với cảng biển. Đồng thời là một trung tâm dịch vụ và du lịch cấp quốc gia và khu vực, tạo điểm bứt phá về kinh tế - xã hội trong khu vực Nam Trung Bộ, tạo sự liên kết phát triển giữa các tỉnh vùng Duyên hải Nam trung bộ và Tây Nguyên...
Quyết định của Thủ tướng nêu, việc điều chỉnh quy hoạch chung xây dựng Khu kinh tế Nam Phú Yên phải dựa trên cơ sở rà soát, kế thừa các yếu tố hợp lý của đồ án quy hoạch chung xây dựng Khu kinh tế Nam Phú Yên, tỉnh Phú Yên được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt năm 2009, cũng như kết quả đầu tư và thu hút đầu tư trong thời gian qua, đề xuất các khu chức năng và hạ tầng kỹ thuật, hạ tầng xã hội phù hợp cho khu kinh tế.
Đề xuất cấu trúc phát triển, tổ chức không gian các khu chức năng phù hợp với yêu cầu phát triển mới; các khu vực theo định hướng quy hoạch chung xây dựng năm 2009 cần giữ ổn định; các khu vực theo định hướng quy hoạch chung xây dựng năm 2009 cần điều chỉnh; các khu vực phát triển mới (khu công nghiệp công nghệ cao, khu đô thị thương mại dịch vụ, khu du lịch dịch vụ, khu đô thị du lịch và khu vực sử dụng hỗn hợp, khu đấu giá thủy hải sản...).
Việc điều chỉnh cũng phải trên cơ sở nghiên cứu giải pháp cải tạo các khu vực dân cư hiện hữu, các khu chức năng vùng đệm hỗ trợ phát triển, các khu đô thị và khu vực nông thôn trong khu kinh tế; đề xuất bố cục không gian kiến trúc cảnh quan, phân vùng kiến trúc cảnh quan, xác định các trục không gian chính, các không gian trọng tâm (khu vực đô thị Hòa Vinh, đô thị Hòa Hiệp Bắc và Hòa Hiệp Nam, đô thị ven sông Đà Rằng, khu vực ven biển và dọc sông Đà Nông,...) và các khu chức năng hỗ trợ.
Ở định hướng chung, việc điều chỉnh nhằm tạo dựng và nhấn mạnh các nét đặc trưng của Khu kinh tế Nam Phú Yên, khai thác tối đa yếu tố tự nhiên, địa hình, không gian sông và biển.
