Không hoàn toàn thuộc sở hữu Nhà nước
Theo đó, Bộ Xây dựng kết luận, nhà đất 35 Điện Biên Phủ có nguồn gốc là nhà vắng chủ, đã được Nhà nước quản lý gồm diện tích đất 538 m2, diện tích nhà 164m2 và bố trí cho các tổ chức thuê làm trụ sở.
Quá trình quản lý, sử dụng đã có biến động lớn về tài sản trên đất, được tạo lập hợp pháp thông qua việc cải tạo xây dựng theo giấy phép do cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp, làm thay đổi quy mô, cấp nhà và tăng diện tích nhà từ 164m2 trước đây lên 1.835,65 m2 hiện nay (tăng hơn 10 lần). Chi phí đầu tư cải tạo xây dựng căn nhà do Viện Sena chi trả từ nguồn vốn tự có. Do vậy, căn nhà tại 35 Điện Biên Phủ theo thực trạng hiện nay không hoàn toàn thuộc sở hữu Nhà nước.
Quá trình sử dụng nhà, đất 35 Điện Biên Phủ của Viện Sena có tình trạng pháp lý khác nhau theo từng giai đoạn, cụ thể: Thuê hợp pháp của Nhà nước từ ngày 06/5/1997 đến ngày 06/5/2000; được thừa nhận là thuê hợp pháp từ tháng 5/2000 đến hết năm 2004 (Viện Sena vẫn trả tiền thuê nhà cho Công ty Kinh doanh nhà); không rõ ràng về tình trạng pháp lý từ năm 2005 đến nay.
Nguyên nhân chính dẫn đến tranh chấp, khiếu kiện là do các cơ quan có thẩm quyền và Viện Sena không giải quyết dứt điểm việc tiếp tục cho thuê hoặc chấm dứt cho thuê; không thực hiện dứt điểm việc thanh lý tài sản trên đất thuộc sở hữu Nhà nước tại số 35 Điện Biên Phủ và không xác lập, điều chỉnh quyền sở hữu tài sản trên đất sau khi có biến động lớn (công trình sau cải tạo xây dựng đã thay đổi về quy mô, cấp nhà và tăng diện tích sử dụng hơn 10 lần).
Từ đó, không xác định rõ được tình trạng pháp lý của nhà đất theo từng thời điểm. Đồng thời công ty Kinh doanh nhà buông lỏng quản lý, thiếu kiểm soát đối với nhà, đất cho thuê của nhà nước.
Bộ Xây dựng cho rằng Kết luận của Thanh tra Thành phố Hà Nội có những điểm chưa đủ cơ sở pháp lý. Trường hợp Viện Sena cho các tổ chức khác thuê trong phần diện tích được toàn quyền sử dụng thì không vi phạm trách nhiệm của bên thuê nhà như Kết luận thanh tra Thành phố Hà Nội.
Thanh tra Thành phố Hà Nội căn cứ Biên bản thỏa thuận số 28/XD/QLN ngày 05/7/1997 và Thông báo ủy quyền số 175/TB ngày 13/6/1996 của Công ty Kinh doanh nhà để kết luận rằng toàn bộ diện tích nhà, đất tại 35 Điện Biên Phủ là thuộc sở hữu của Nhà nước là chưa đủ cơ sở pháp lý.
Bởi lẽ, các văn bản này không phải là văn bản pháp lý để xác lập quyền sở hữu đối với tài sản trên đất là công trình xây dựng sau khi có biến động; việc xác lập sở hữu đối với tài sản trên đất này phải được thực hiện theo trình tự, thủ tục theo đúng quy định của pháp luật về dân sự, đất đai, xây dựng…
Kiến nghị của Bộ Xây dựng
Từ thực trạng hồ sơ pháp lý và quá trình giải quyết, xử lý vụ việc nhà, đất 35 Điện Biên Phủ, Bộ Xây dựng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định phương án giải quyết khiếu nại của Viện Sena.
Bộ Xây dựng sẽ ban hành quyết định giải quyết khiếu nại lần hai của Viện Sena về nhà, đất số 35 Điện Biên Phủ theo hướng:
Không công nhận Quyết định số 5945/QĐ-UBND ngày 01/10/2013 của Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội về việc giải quyết khiếu nại của Viện Nghiên cứu Công nghệ và Phát triển Sena.
Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội thu hồi, hủy bỏ Quyết định số 1977/QĐ-UBND ngày 04/3/2013 của Ủy ban nhân dân Thành phố về việc thu hồi 565,4 m2 đất có nhà, công trình tại số 35 Điện Biên Phủ giao cho Ủy ban nhân dân quận Ba Đình quản lý để tổ chức giải phóng mặt bằng, thực hiện dự án mở rộng trụ sở làm việc cho Công an quận Ba Đình.
Việc sắp xếp lại, xử lý cơ sở nhà, đất số 35 Điện Biên Phủ thực hiện theo Quyết định số 09/2007/QĐ-TTg ngày 19/01/2007 của Thủ tướng Chính phủ.
Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội và Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam thực hiện việc sắp xếp lại, xử lý cơ sở nhà, đất số 35 Điện Biên Phủ theo quy định của Quyết định 09/2007/QĐ-TTg sau khi quyết định giải quyết khiếu nại lần hai của Bộ Xây dựng có hiệu lực pháp luật.