Ông Nguyễn Đức Trung từng giữ các chức vụ: Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ trưởng Vụ Kinh tế địa phương và lãnh thổ, Vụ trưởng Vụ Kết cấu hạ tầng và đô thị, Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Ngày 28/1/2019, ông nhận nhiệm vụ Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Tháng 2/2020, Ban Bí thư điều động, luân chuyển, chỉ định ông Nguyễn Đức Trung giữ chức Phó Bí thư Tỉnh ủy Nghệ An, nhiệm kỳ 2015-2020.
Tháng 3/2020, Hội đồng nhân dân tỉnh Nghệ An khóa 17, nhiệm kỳ 2016-2021 đã bỏ phiếu bầu ông Nguyễn Đức Trung giữ chức vụ Chủ tịch UBND tỉnh Nghệ An.
Ngày 4/7/2021, ông Nguyễn Đức Trung tiếp tục được tín nhiệm bầu giữ chức Chủ tịch UBND tỉnh Nghệ An, nhiệm kỳ 2021-2026 tại Kỳ họp thứ nhất, HĐND tỉnh Nghệ An khóa XVIII.
Ngày 11/11/2024, ông Nguyễn Đức Trung được Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh tín nhiệm bầu giữ chức vụ Bí thư Tỉnh ủy Nghệ An, nhiệm kỳ 2020-2025.
Ông Nguyễn Đức Trung sẽ kiêm chức Chủ tịch UBND tỉnh Nghệ An cho đến khi vị trí này được kiện toàn.
Trước đó, Bộ Chính trị quyết định ông Thái Thanh Quý, Ủy viên Trung ương Đảng, Bí thư Tỉnh ủy, Chủ tịch HĐND tỉnh Nghệ An, Trưởng Đoàn Đại biểu Quốc hội tỉnh khóa 15 thôi tham gia Ban Chấp hành, Ban Thường vụ Tỉnh ủy và thôi giữ chức Bí thư Tỉnh ủy Nghệ An nhiệm kỳ 2020-2025; điều động, phân công, bổ nhiệm giữ chức Phó Trưởng Ban Kinh tế Trung ương.