Khu công nghiệp cảng Hiệp Phước được quy hoạch với quy mô lớn, hiện đại, làm đầu mối trung chuyển hàng hóa cho TP. HCM, Đông Nam Bộ và đồng bằng sông Cửu Long. Đồng thời tạo sự gắn kết chặt chẽ với khu công nghiệp Hiệp Phước với tính chất là khu logistics, hỗ trợ các dịch vụ cảng logistics.
Trong đó, khu công nghiệp cảng Hiệp Phước sẽ tập trung đa ngành, đa dạng về sản phẩm, dịch vụ logistiscs, sản xuất công nghiệp, đặc biệt là các ngành công nghiệp gắn liền với hoạt động cảng, vận tải biển, xuất nhập khẩu hàng hóa thông qua cảng biển. Dự án gồm: phía Đông và Nam giáp sông Soài Rạp và sông Đồng Điền; phía Tây giáp khu đô thị Hiệp Phước; phía Bắc giáp khu công nghiệp thuộc xã Long Thới, huyện Nhà Bè với tổng diện tích 1.740,66 ha.
Toàn bộ khu công nghiệp cảng Hiệp Phước sẽ được chia làm bốn khu. Cụ thể, khu 1: giai đoạn 1 (với quy mô 311,4 ha) là nơi di dời các doanh nghiệp ô nhiễm của thành phố, các ngành công nghiệp có nhu cầu sử dụng diện tích đất lớn, công nghiệp gắn liền với vận tải thủy (kho, cảng), công nghiệp dịch vụ phục vụ sản xuất và công nghiệp phụ trợ.
Khu 2: Giai đoạn 2 (với quy mô 651,66 ha) quy hoạch là khu công nghiệp có điều kiện để xử lý chất thải (khói, bụi, nước) chủ yếu gồm: công nghiệp gắn liền vận tải thủy (kho, cảng) và công nghiệp đóng, sửa chữa tàu thuyền phục vụ ngành đường biển có quy mô lớn.
Khu 3: Cảng hạ lưu Hiệp Phước (với quy mô 384,71ha) là khu cảng phục vụ cho công tác di dời các cảng ở nội thành ra khu vực Hiệp Phước. Trước mắt, nơi đây sẽ tiếp nhận hàng hóa chuyển từ cảng Nhà Rồng Khánh Hội thuộc Công ty cổ phần cảng Sài Gòn (quận 4, TP. HCM) chuyển đến khi đóng cửa trong năm 2017.
Khu 4: Phần diện tích còn lại, tập trung thu hút các ngành công nghiệp - dịch vụ cảng - logistics, các ngành công nghiệp sử dụng kỹ thuật tiên tiến có hàm lượng chất xám cao, công nghệ cao, công nghệ sạch, không gây ô nhiễm môi trường, liên quan đến hàng hải gắn với hoạt động cảng và vận tải cũng như các loại hình dịch vụ cảng logistics.