Mục tiêu của Nghị định 20 là chống thất thu thuế ở Việt Nam do tác động của chuyển giá giữa các quốc gia. Song chính Thứ trưởng Bộ Tài chính Trần Xuân Hà cũng thừa nhận Khoản 3, điều 8 đang tồn tại bất cập. Đó là phạm vi đối tượng áp dụng cho tất cả đơn vị có giao dịch liên kết; gây khó cho các hoạt động của doanh nghiệp trung chuyển vốn vay, cho vay lại hay việc vay nợ giữa công ty con với công ty mẹ trong cùng một tập đoàn, tổng công ty ở trong nước. Ngoài ra, mức áp trần chi phí phí lãi vay từ 20% là "sợi dây vô hình" trói chặt sự phát triển của doanh nghiệp.
Doanh nghiệp bị tăng lợi nhuận ảo, dẫn đến phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp cao hơn và lợi nhuận thật của doanh nghiệp bị giảm đáng kể, không ít doanh nghiệp bị lỗ nặng. Theo đó, hàng ngàn doanh nghiệp với chục ngàn tỷ đồng tiền thuế đã đóng trước đó phải chờ những động thái sửa đổi của Bộ Tài chính mới có hi vọng thu hồi.
Trước đó, phía Tập đoàn Điện lực Việt Nam (EVN) cũng cho rằng đã gặp thiệt hại khi áp dụng Nghị định 20. Tập đoàn này hoạt động theo mô hình mẹ - con, trong đó các giao dịch liên kết chính và lớn liên quan đến hoạt động kinh doanh mua bán điện và giao dịch "cho vay lại".
Trong giai đoạn sắp tới, nhu cầu đầu điện tăng cao khiến việc đầu tư dự án điện mới của EVN rất lớn. Tuy nhiên, vốn tự có của doanh nghiệp không đủ đáp ứng được nhu cầu đầu tư nên EVN và các thành viên vẫn phải huy động nguồn vốn vay trong và ngoài nước, đặc biệt trong giai đoạn 2017 - 2025.
“Nếu tính theo Nghị định 20, tình hình tài chính của EVN và các tổng công ty phát điện là rất lớn, gây khó khăn trong cân đối vốn đầu tư của EVN khi thực hiện các dự án điện thuộc Quy hoạch điện của Chính phủ. Theo đó, EVN Genco 1 phải nộp thêm 339 tỷ đồng, EVN Genco 3 phải nộp thêm 216 tỷ đồng thuế thu nhập doanh nghiệp”, EVN tính toán.
“Bản chất các giao dịch của công ty chỉ nhằm mục đích tăng năng lực cạnh tranh, tập trung chuyên môn hoá cho từng công ty trong tổng công ty. Nếu tránh quy định về mức trần chi phí lãi vay, tránh không có các giao dịch liên kết, Lilama sẽ buộc phải thuê nhà thầu bên ngoài. Điều này làm giảm năng lực cạnh tranh, không định hướng được chiến lược phát triển, một số công ty giảm việc làm và dẫn tới nguy cơ phá sản”, đại diện Tổng công ty lắp máy Việt Nam Lilama chia sẻ.
Đại diện một doanh nghiệp cũng chia sẻ, nếu Nghị định 20 không hồi tố trở về đúng thời điểm hiệu lực ban hành thì sẽ xảy ra tình huống doanh nghiệp bị rối và lại phải kiến nghị gây tốn kém nhiều chi phí cho doanh nghiệp. Đặc biệt, đã chấp nhận sửa đổi để tăng khống chế chi phí lãi vay lên 30% trong kì thuế của năm 2019 thì phải chấp nhận hồi tố cả khoản tiền doanh nghiệp đã nộp năm 2017, 2018 mới công bằng cho các doanh nghiệp đã nộp thuế đúng hạn.
Động thái mới nhất là Tổng cục Thuế đã có văn bản chỉ đạo cục thuế các địa phương gia hạn nộp thuế, miễn tiền chậm nộp do ảnh hưởng dịch Covid-19. Văn bản nêu rõ, do ảnh hưởng của dịch bệnh, nhiều doanh nghiệp bị thiệt hại lớn không có khả năng nộp thuế đúng hạn, vì vậy cần gia hạn nộp thuế để hỗ trợ. Tuy nhiên, cũng không có thêm hướng dẫn cụ thế hay nhắc đến việc doanh nghiệp đang thiệt hại bởi dịch Covid-19 và chịu thiệt hại tư khoản 3 Điều 8 Nghị đinh 20 có thể được hồi tố hay không?
Hàng ngàn tỷ đồng của doanh nghiệp bất động sản đã nộp vào ngân sách theo quy định, nhưng khi sửa Nghị định 20, cơ quan soạn thảo vẫn không đề cập gì đến việc xử lý số tiền đã thu của doanh nghiệp trong năm 2017, 2018. Trong khi đó, khối doanh nghiệp bất động sản lại chịu thiệt hại lớn từ dịch Covid-19 bởi hầu hết các doanh nghiệp bất động sản đều gắn liền với cách khối du lịch, nghỉ dưỡng, bán lẻ, nhà ở và văn phòng.
TS. Nguyễn Trí Hiếu, Cố vấn HĐQT Ngân hàng Quốc Dân (NCB) nêu quan điểm Nghị định 20 áp dụng cho toàn bộ doanh nghiệp là rào cản rất lớn cho các công ty trong nước và khiến họ càng thêm khó khăn. Về dài hạn, cần xem xét thay đổi và chỉ nên áp dụng quy định này đối với các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài mà không phải áp dụng chung cho tất cả doanh nghiệp.
Hiện là thời điểm rất khó khăn của các doanh nghiếp nói chung, đặc biệt là các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực hàng không, du lịch, lữ hành... do ảnh hưởng dịch Covid-19 bùng phát làm giảm nhu cầu đi lại và tham quan, giải trí của người dân. Trước tình hình đó, Chính phủ nhanh chóng đưa ra gói tín dụng 250.000 tỷ đồng, gói tài khóa 30.000 tỷ và hàng loạt biện pháp khác để giúp doanh nghiệp vượt qua Covid-19.
Ông Nguyễn Việt Anh, chuyên gia thuế cao cấp của Ngân hàng Thế giới từng phân tích trong một số trường hợp, Nghị định 20 cũng gây khó cho doanh nghiệp. Đơn cử như các doanh nghiệp hoạt động theo hình thức tập đoàn, công ty mẹ con có phát sinh việc cho vay trong nội bộ tập đoàn thì quy định này là cứng nhắc vì chi phí lãi vay được tính trên cơ sở “gộp”. Hay đối với các doanh nghiệp khởi nghiệp và các dự án phát sinh lỗ trong những năm đầu nhưng tổng thể là có lợi nhuận có thể sẽ bị ảnh hưởng tiêu cực, vì họ không được khấu trừ chi phí lãi vay trong giai đoạn phát sinh lỗ.
Để tháo gỡ những khó khăn này, ông Nguyễn Việt Anh cho rằng, Chính phủ, Bộ Tài chính có thể đưa ra quy định cho phép các doanh nghiệp được chuyển phần chi phí lãi vay chưa được khấu trừ vào các năm tiếp theo khi doanh nghiệp có khả năng khấu trừ, tương tự như quy định chuyển lỗ hiện nay. Chi phí lãi vay có thể tính trên cơ sở “thuần” để tạo điều kiện cho các doanh nghiệp cho vay trong nội bộ tập đoàn. Nếu tập đoàn có doanh nghiệp thành viên trả chi phí lãi vay cho bên không liên kết vượt trên mức 20% của EBITDA của tập đoàn, doanh nghiệp đó có thể áp dụng tỷ lệ cao hơn để xác định khoản chi phí lãi vay được phép khấu trừ trong việc tính toán nghĩa vụ thuế.
Ông Nguyễn Việt Anh nhấn mạnh: “Điều tốt là các giải pháp này phù hợp với thông lệ quốc tế. Tôi tin tưởng rằng nếu những thay đổi này được áp dụng, sẽ giúp giải quyết những vướng mắc hợp lý của doanh nghiệp, trong khi vẫn duy trì được bản chất của quy định hạn chế lãi vay trong việc giúp Việt Nam bảo vệ cơ sở thuế quan trọng của mình”.