Theo đó, sau khi có phản ánh của công dân về những dấu hiệu vi phạm liên quan tới cá nhân ông Lê Thế Việt, nguyên Giám đốc kiêm Chủ tịch Công ty TNHH MTV thủy lợi Bắc Sông Mã với nhiều nội dung (việc tuyển dụng lao động; việc thành lập chi nhánh thủy lợi thành phố Thanh Hóa; việc bố trí, bổ nhiệm cán bộ tại công ty; việc tuyển dụng nhiều người nhà vào làm việc cơ quan; việc thực hiện một số dự án tiền tỷ trong mối quan hệ với đối tác…), cơ quan thanh tra đã vào cuộc, đồng thời chỉ rõ những vi phạm có liên quan.
Việc tổ chức, hoạt động của công ty không đúng theo điều lệ công ty đã được Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa phê duyệt. Điều lệ công ty được phê duyệt từ năm 2016, tuy nhiên, công ty chưa đề xuất, báo cáo để kiện toàn đầy đủ các chức danh chủ tịch và giám đốc công ty theo quy định.
Đến thời điểm thanh tra, công ty vẫn thực hiện theo mô hình Chủ tịch kiêm Giám đốc công ty là sai quy định của Điều lệ công ty được phê duyệt kèm theo Quyết định 2354/QĐ-UBND ngày 4/7/2016 của Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa và Khoản 1, Điều 8, Nghị đinh 97/2015/NĐ-CP ngày 19/10/2015 của Chính phủ về quản lý người giữ chức danh, chức vụ tại doanh nghiệp là công ty TNHH MTV mà nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ.
Trên cơ sở các quy định của pháp luật và Điều lệ của công ty đã được phê duyệt, công ty chưa chủ động xây dựng, ban hành đầy đủ các quy chế, quy định để áp dụng quản lý, điều hành trong nội bộ công ty.
Việc tuyển dụng, điều động CBCNV trong công ty chưa đảm bảo chặt chẽ, sai quy định, vượt chỉ tiêu được giao. Hằng năm, công ty không xây dựng và ban hành kế hoạch điều động, luân chuyển cán bộ, công nhân viên trong công ty.
Tháng 1/2019, công ty thực hiện việc điều động, luân chuyển CBCNC tại Chi nhánh thủy lợi Thành phố vượt 3 người so với đề án được duyệt; tháng 4/2019, công ty tuyển dụng, tiếp nhận thừa 3 chỉ tiêu so với chỉ tiêu được giao năm 2019.
Về quản lý tài chính, sử dụng kinh phí thủy lợi còn một số nội dung chưa sát với thực tế, nên khi triển khai thực hiện phải điều chỉnh, bổ sung so với dự toán ban đầu; một số phiếu chi thiếu chứng từ gốc, chưa đúng quy định so với Quy chế quản lý tài chính của công ty. Thiếu hóa đơn bán hàng, tiền ăn; thiếu kế hoạch dự trù kinh phí tổ chức hội nghị; thanh toán tiền thêm giờ không có chấm công nội dung công việc phát sinh; giấy mời hội nghị...
Sử dụng kinh phí cấp bù tiền dầu, tiền điện vượt định mức, phục vụ chống hạn, sang chi nạo vét kênh mương, số tiền 2.053.136.000 đồng, khi chưa được cấp có thẩm quyền cho phép chuyển đổi nhiệm vụ chi.
Việc quản lý đầu tư xây dựng có nhiều sai phạm: Quyết định chủ trương đầu tư dự án cải tạo trụ sở Chi nhánh thủy lợi Hà Trung, không nằm trong Kế hoạch đầu tư ngắn hạn, trung hạn được phê đuyệt; chủ đầu tư quyết định phê duyệt chủ trương đầu tư, phân chia làm 2 giai đoạn đầu tư khác nhau, nhưng không thuyết minh, làm rõ nguyên nhân, là không đúng quy định của Luật Đầu tư công.
Hồ sơ quản lý chất lượng của chủ đầu tư trong quá trình thi công, còn một số hạng mục công việc chưa đầy đủ theo quy định. Đơn vị thi công không lập tiến độ thi công theo quy định; các bản vẽ hoàn công không ghi ngày tháng, thời điểm nghiệm thu hoàn công; không lập các bản vẽ hoàn công giai đoạn thi công; một số biên bản nghiệm thu công việc không ghi số biên bản, ngày tháng nghiệm thu và khối lượng được nghiệm thu...
Hồ sơ thiết kế bản vẽ thi công và dự toán, tính thừa khối lượng, đơn giá; nhà thầu thi công một số hạng mục sai thiết kế, thiếu khối lượng, phải xử lý về kinh tế với tổng số tiền 178.639.000 đồng (gồm: xử lý thu hồi 164.857.000 đồng và kiến nghị giảm trừ quyết toán, không thanh toán 13.782.000 đồng).
Kết luận cũng chỉ rõ, để xảy ra hàng loạt sai phạm nêu trên, trách nhiệm thuộc về tập thể lãnh đạo công ty, kiểm soát viên và các tập thể, cá nhân tham mưu, thực hiện. Trách nhiệm chính thuộc về Chủ tịch kiêm Giám đốc Công ty TNHH MTV thủy lợi Bắc Sông Mã, giai đoạn từ năm 2016 đến tháng 5/2019.
Đồng thời, tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm các tập thể, cá nhân có liên quan đến những khuyết điểm, sai phạm, thuộc thẩm quyền quản lý, chấn chỉnh, khắc phục kịp thời những khuyết điểm, sai phạm đã chỉ ra trong kết luận thanh tra.
Ngoài ra, kiểm điểm trách nhiệm của Kiểm soát viên tại Công ty TNHH MTV thủy lợi Bắc Sông Mã, liên quan đến những khuyết điểm, sai phạm trên.
Được biết, Công ty TNHH MTV thủy lợi Bắc Sông Mã là doanh nghiệp 100% vốn Nhà nước, hoạt động công ích; có chức năng, nhiệm vụ quản lý, khai khai thác hệ thống công trình thủy lợi (gồm: 96 trạm bơm, 560 cống tưới, tiêu các loại và 613km kênh từ cấp 1 đến cấp 3), phục vụ tưới, tiêu cho trên 63.000ha đất nông nghiệp của các huyện: Hoằng Hóa, Hậu Lộc, Hà Trung, Nga Sơn, thị xã Bỉm Sơn và 6 xã phía Bắc thành phố Thanh Hóa.