Hiện nay, TP.HCM có 44 Ban Quản lý đầu tư xây dựng. Trong đó, 9 ban thuộc UBND thành phố quản lý, 11 ban thuộc 8 sở, ngành, đơn vị, 24 Ban Quản lý đầu tư xây dựng công trình tại các quận, huyện. Ngoài ra, một số sở, ngành không có Ban Quản lý đầu tư - xây dựng nhưng có thực hiện chức năng, nhiệm vụ về quản lý dự án đầu tư, xây dựng.
Tương ứng, có 43 trưởng ban, 92 phó ban, 213/255 biên chế (cơ quan hành chính), 672/696 người (đơn vị sự nghiệp chưa tự chủ) và 238 người (đơn vị sự nghiệp tự chủ, không giao số người làm việc). Các Ban quản lý này đang quản lý hơn 3.000 dự án với tổng số tiền hơn 323.000 tỷ đồng.
Theo UBND TP.HCM, dù đã đạt được một số kết quả tích cực nhưng mô hình tổ chức nói trên làm nguồn vốn đầu tư phân tán, dàn trải. Nhiều dự án lâm vào tình trạng thiếu vốn phải hoãn, giãn tiến độ dẫn tới tăng tổng mức đầu tư, công tác thanh quyết toán kéo dài, công trình triển khai dở dang chậm được đưa vào sử dụng, hiệu quả đầu tư thấp.
Đồng thời, các Ban quản lý hoạt động kém hiệu quả, chồng chéo nhau. Đồng thời, các Ban quản lý đầu tư - xây dựng khu đô thị mới đang thực hiện theo mô hình cơ quan hành chính, điều này đã không phù hợp với quy định pháp luật.
Theo đó, lãnh đạo UBND TP.HCM thống nhất sáp nhập các Ban quản lý đầu tư xây dựng khu đô thị: Thủ Thiêm, Nam thành phố và Tây Bắc sẽ được sáp nhập thành Ban quản lý Phát triển đô thị thành phố. Đây sẽ là cơ quan hành chính trực thuộc UBND TP.HCM.
Phương án sáp nhập, sắp xếp lại làm giảm 11 đầu mối (2 ban thuộc UBND thành phố và 9 ban thuộc các sở, ngành), việc làm này cũng giảm hơn 200 biên chế hành chính và có khả năng giảm hơn 100 người làm việc trong các đơn vị.
Bên cạnh đó, theo dự thảo đề án, TP.HCM cũng sẽ lập Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình giao thông trực thuộc UBND TP.HCM trên cơ sở tách chức năng quản lý dự án về giao thông của các khu Quản lý giao thông đô thị, Khu Quản lý đường thủy nội địa, thuộc Sở Giao thông Vận tải.
Ban Quản lý dự án nạo vét luồng Soài Rạp (giai đoạn 2), Ban Vệ sinh môi trường trực thuộc Sở Giao thông Vận tải được sáp nhập vào Ban Quản lý Đầu tư - Xây dựng công trình Giao thông - Đô thị và giao Sở Giao thông Vận tải quản lý.
Ban Quản lý Đường sắt đô thị được giữ nguyên, Ban Quản lý dự án đầu tư - Xây dựng các công trình nông nghiệp và phát triển nông thôn, Ban Quản lý các dự án Đầu tư - Xây dựng Khu Công nghệ cao trực thuộc Ban Quản lý Khu Công nghệ cao, còn Trung tâm Khai thác hạ tầng trực thuộc Ban Quản lý Khu Nông nghiệp Công nghệ cao như hiện nay.
Điều chỉnh chức năng, nhiệm vụ của Trung tâm Điều hành chương trình chống ngập nước TP.HCM. Đồng thời, đơn vị này được tổ chức lại thành Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng hạ tầng đô thị và được giao cho Sở Giao thông Vận tải quản lý.
Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình dân dụng và công nghiệp thuộc UBND TP.HCM cũng được thành lập trên cơ sở hợp nhất các Ban Quản lý đầu tư xây dựng các công trình của các Sở: Y tế, Lao động - Thương binh và Xã hội, Giáo dục - Đào tạo, Văn hóa - Thể thao, giao Sở Xây dựng quản lý.
Việc sắp xếp lại các Ban quản lý dự án của thành phố, các quận, huyện, Ban quản lý dự án ODA trên địa bàn được thực hiện theo chỉ đạo của Thường trực Thành ủy TP.HCM với mục đích bộ máy quản lý được tinh gọn.