Ngay từ đường vào bến Đục, những cò đò đã phóng xe máy theo bám riết khách. Mặc cho khách từ chối hay tỏ vẻ khó chịu, nhiều cò đò vẫn không rời đoàn khách lạ. Chỉ tới khi khách vào đến nơi bán vé tham quan và vé đi đò của Ban tổ chức thì họ mới chịu buông tha.
Qua đền Trình, hai bên bờ, những cây hoa gạo nở đỏ rực trên sườn núi, là thời khắc để khách thanh thản thả lòng trên dòng suối Yến nước xanh sẫm. Nhưng, thỉnh thoảng những chiếc xuồng máy chạy vụt qua khiến cho các con thuyền chèo tay mong manh chao đảo. Khách ngồi trên xuồng thấp thỏm sợ nước tràn vào thuyền.
Khi vừa rời thuyền để lên bờ đến chùa Thiên Trù, tiếng nhạc chế đã ồn ào, phá vỡ cảnh quan ở đường đến cửa chùa. Những bài nhạc chế từ các cửa hàng thi nhau phát ra, đập vào tai chan chát, khiến du khách vừa buồn cười, vừa thấy lố bịch. Tiếng loa mời khách mua bánh củ mài, củ sắng cũng gây ồn ào trước cửa chùa, khiến khách có cảm giác đây là hội chợ ẩm thực hơn là con đường hành hương về đất Phật.
Lối lên động Hương Tích trở thành cái chợ khi hai bên bày bán rất nhiều đồ "thượng vàng hạ cám" như bánh kẹo, đồ chơi bạo lực, đồ trang sức,...
Tại nhiều điểm gửi xe quanh khu vực chùa Hương như hai bên Bến Đục, cạnh đền Trình, những người trông xe “hét giá” vé gửi xe máy trong ngày là 20.000 đồng/xe, 50.000 đồng/xe ô tô, cao hơn nhiều lần so với quy định của TP. Hà Nội.
Bên cạnh việc du khách “méo mặt” vì giá gửi xe, bị hét giá lên đò, thuyền, nhiều bất cập khác cũng đang tồn tại ở Chùa Hương. Đơn cử như việc xả rác ra suối Yến, dọc đường và cả khuôn viên vào đền Trình, chùa Thiên Trù, động Hương Tích vẫn còn diễn ra nhiều. Rác chất đống ở các gốc cây, cột đèn, rác nổi trôi dọc dòng suối Yến.
Điều đáng nghi ngại hơn cả là tình trạng đò chở người quá tải, gây mất an toàn giao thông nghiêm trọng. Theo chính quyền xã Hương Sơn, đò ở đây gồm 2 loại, chở tối đa 6 và 12 người nhưng có thể dễ dàng đếm được hàng trăm chuyến đò chở từ 20 người trở lên.
Mới đây Sở Kế hoạch và Đầu tư TP. Hà Nội vừa có văn bản gửi UBND TP. Hà Nội báo cáo việc Doanh nghiệp xây dựng Xuân Trường có đề xuất thực hiện siêu dự án du lịch tâm linh có quy mô 1000ha ở khu vực chùa Hương với tổng vốn đầu tư lên tới 15.000 tỷ đồng. Theo đó, ngày 25/11/2018 vừa qua, Sở Kế hoạch và Đầu tư TP. Hà Nội đã có công văn số 7257/KH&ĐT-NNS gửi UBND TP. Hà Nội về việc doanh nghiệp tư nhân Xuân Trường đề xuất đầu tư xây dựng Khu du lịch tâm linh Hương Sơn, xã Hương Sơn, huyện Mỹ Đức.
Công văn cho biết: Ngày 13/11, Sở Kế hoạch và Đầu tư TP. Hà Nội đã chủ trì cuộc làm việc, nghe đại diện doanh nghiệp Xuân Trường báo cáo tóm tắt ý tưởng dự án Khu du lịch tâm linh Hương Sơn và đang tính cực phối hợp, đôn đốc triển khai, tổng hợp đề xuất báo cáo thành phố trong tháng 12/2018. Cũng theo công văn này, tập thể UBND Thành phố đã họp và chỉ đạo Sở Kế hoạch và Đầu tư chủ trì họp với các doanh nghiệp để nghiên cứu đề xuất trên.
Tuy nhiên, nhiều chuyên gia văn hóa tỏ ra lo ngại về dự án này. GS.TS Phạm Ngọc Đăng - Phó Chủ tịch Hội Thiên nhiên và Bảo vệ Môi trường Việt Nam thì cho rằng: "Nếu triển khai "siêu dự án" thì khó tránh khỏi những nguy cơ về tai nạn giao thông, ô nhiễm môi trường, thay đổi hiện trạng di tích... do lưu lượng người đổ về chùa Hương hiện tại cũng đã rất đông".
Những đình, đền, chùa nằm trong quy hoạch này cũng sẽ không còn thuộc về cộng đồng, không những thế nó còn phá vỡ đi nét truyền thống trẩy hội non nước Chùa Hương đã in đậm vào trong tâm thức bao thế hệ. Ngày xưa các cụ mình có bao giờ xây chùa, đền để thu phí, đây là hiện tượng lạ, cứ nói du lịch tâm linh nhưng phải của cả cộng đồng, xã hội chứ du lịch tâm linh kiểu này thì lại biến thành công nghiệp du lịch tâm linh, PGS. TS Đào Trọng Tứ, Giám đốc Trung tâm Phát triển bền vững tài nguyên nước và thích nghi biến đổi khí hậu (mạng lưới sông ngòi Việt Nam) cho hay.