Tại Báo cáo kết quả kiểm toán năm 2016 và kết quả thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán năm 2015, KTNN đã chỉ ra các hạn chế sai sót trong quá trình đầu tư, công tác quản lý các dự án đầu tư theo hình thức BOT, BT và các dự án sử dụng nguồn vốn ODA, nguồn trái phiếu Chính phủ (TPCP) và các chương trình mục tiêu quốc gia còn bộc lộ nhược điểm, sai phạm, tùy tiện, lãng phí, gây khó khăn cho người dân, DN….
Trong đó, hợp phần xe buýt nhanh khối lượng lớn thuộc Dự án phát triển hợp phần giao thông đô thị Hà Nội (hợp phần BRT) cho thấy việc thực hiện còn thiếu đồng bộ, không nhất quán, chậm tiến độ và phải kéo dài thời gian thực hiện dẫn đến khi đưa hệ thống BRT vào vận hành cuối năm 2016 không đáp ứng được đầy đủ các tiêu chuẩn của BRT và khó đạt được mục tiêu đề ra là góp phần giảm ùn tắc giao thông, thậm chí có nguy cơ sẽ gia tăng tình trạng ùn tắc.
Ngoài ra, KTNN đã kiến nghị giảm thời gian thu phí hoàn vốn của 27 dự án BOT được kiểm toán (năm 2016 là 21 dự án) so với phương án tài chính ban đầu 107,4 năm, trong đó dự án giảm nhiều nhất là 13 năm 1 tháng 12 ngày (dự án mở rộng QL 1 đoạn Km 1488-Km1525, tỉnh Khánh Hòa)
Kết quả KTNN cũng cho thấy, vốn ODA còn lãng phí, thiếu hiệu quả, thực hiện chương trình Nông thôn mới không đạt được mục tiêu đề ra, không phân bổ hết vốn TPCP đã huy động trong năm (dư 4.830 tỷ đồng), chưa bố trí kịp thời 5.583 tỷ đồng vốn TPCP dự phòng giai đoạn 2012- 2015 (trong đó 792,147 tỷ đồng của chương trình kiên cố hóa trường lớp học và nhà công vụ cho giáo viên chưa được giao kế hoạch).
Bên cạnh đó, kiểm toán 19 cuộc kiểm toán hoạt động cho thấy một số hoạt động thuộc chủ đề được kiểm toán không đạt được mục tiêu đề ra, công tác quản lý, điều hành một số dự án, chương trình thiếu chặt chẽ, không tuân thủ các quy định của Nhà nước làm giảm hiệu quả hoạt động; một số trang thiết bị được đầu tư nhưng chưa đưa vào khai thác và sử dụng gây lãng phí cho ngân sách.
Kết quả kiểm toán năm 2016, ngoài các kiến nghị xử lý tài chính, KTNN đã chỉ rõ nhiều tồn tại, bất cập trong cơ chế, chính sách quản lý của Nhà nước và đã kiến nghị hủy bỏ hoặc thay thế, sửa đổi, bổ sung 150 văn bản (04 nghị định, 20 thông tư, 9 nghị quyết, 28 quyết định, 89 văn bản khác) không phù hợp với quy định chung của Nhà nước và chuyển 2 hồ sơ sang cơ quan điều tra để điều tra làm rõ và xử lý theo quy định của pháp luật.
Thực hiện kiến nghị kiểm toán năm 2015, KTNN đã kiến nghị xử lý tài chính thực hiện đến 31/12/2016 là 15.794 tỷ đồng, đạt 75,6% tổng số kiến nghị (năm 2014 đạt 64,3%), trong đó tăng thu, giảm chi NSNN 10.195 tỷ đồng, đạt 82,3% (năm 2014 đạt 75%). Kết quả thực hiện kiến nghị đã có chuyển biến tích cực do năm 2016 KTNN đã thực hiện nhiều giải pháp quyết liệt để nâng cao hiệu lực thực hiện kiến nghị kiểm toán.
Về kiến nghị sửa đổi, bổ sung cơ chế chính sách, có 29 văn bản đã và đang được Chính phủ, các bộ ngành và địa phương thực hiện hủy bỏ, sửa đổi, bổ sung theo kiến nghị của KTNN, các kiến nghị khác đang được các đơn vị nghiên cứu sửa đổi theo quy định ban hành văn bản./.